Rådhuset fremstår i dag i renæssancestil efter restaureringen 1906-09. Stilen er, som man brugte i det 16. århundrede. Det tidligere rådhus i Ebeltoft stammede fra 1576, og man forsøgte i 1906, sandsynligvis for at fremme chancerne for en fredning, at argumentere for, at det rådhus, der stod på pladsen, var det gamle rådhus fra 1576 og ikke et nybygget fra 1789. Det lykkedes at bevise denne påstand, selvom senere undersøgelser har bevist, at det ikke er tilfældet; det er et nybygget rådhus fra 1789, der står på Torvet i dag. Derfor burde rådhuset, hvis man ville føre det tilbage til dets oprindelige udseende, faktisk have haft de nyklassicistiske træk, som bygmester Just Møller udstyrede det med i sin tid, nemlig en hvidkalket murindgangsparti med fyldningsdør.
Rådhuset fra 1789 var i en længere årrække i 1800-tallet udlejet til private og var derfor gået i forfald. I starten af 1900-tallet indvilgede staten i at frede og istandsætte det gamle rådhus. Efter restaureringen overgik rådhuset igen til byen og blev indrettet til museum, og er i dag en af byens største seværdigheder.
